Gemeinnützige Unternehmen (im Sinne des §§ 51 ff. Abgabenordnung, AO) sind unabhängig von ihrer Rechtsform antragsberechtigt, wenn sie wirtschaftlich und damit dauerhaft am Markt tätig sind. Bei diesen Unternehmen wird statt auf die Umsätze auf die Einnahmen abgestellt. Die Einnahmen umfassen die am Markt erzielten Umsätze, Mitgliedsbeiträge und Spenden sowie Zuwendungen der öffentlichen Hand.26 Zweckgebundene Spenden und Zuwendungen der öffentlichen Hand können bei der Berechnung der Einnahmen unberücksichtigt bleiben, wenn ausgeschlossen ist, dass sie der Deckung laufender betrieblicher Fixkosten dienen (im Sinne von 2.4 FAQ) dienen. Erfolgt keine monatliche Abrechnung der Einnahmen (zum Beispiel jährliche Mitgliedsbeiträge), ist es zulässig, von einer gleichmäßigen Verteilung dieser Einnahmen über das gesamte Jahr auszugehen. Zuschüsse nach dem Sozialdienstleister-Einsatzgesetz (SodEG), die Corona-Soforthilfen, die früheren Phasen der Überbrückungshilfe sowie die November- und Dezemberhilfe sind im Rahmen der Corona-Überbrückungshilfe nicht als Einnahmen zu berücksichtigen.

Für die einzelnen gemeinnützigen Unternehmen oder Betriebsstätten27kann jeweils ein eigener Antrag gestellt werden, auch wenn diese einen Unternehmensverbund bilden. Hierbei wird jeweils auf die Umsätze (Einnahmen), Fixkosten, Mitarbeiterzahl und Schwellenwerte der antragstellenden Einheit (Verbundunternehmen oder Betriebsstätte) abgestellt. Dieser Antrag ist im Fall von Betriebsstätten durch das übergeordnete Unternehmen zu übermitteln.

Allerdings sind auch bei gemeinnützigen Unternehmen die beihilferechtlichen Höchstgrenzen für das Unternehmen im beihilferechtlichen Sinne zu beachten. Hierbei ist gegebenenfalls der Unternehmensverbund ausschlaggebend. Entsprechend darf sich das Unternehmen beziehungsweise der Unternehmensverbund zum 31. Dezember 2019 nicht in wirtschaftlichen Schwierigkeiten befunden haben.

Bezüglich des Eigenkapitalkriteriums zur Bestimmung des Status „Unternehmen in Schwierigkeiten“ gilt: Wenn ein Unternehmen im beihilferechtlichen Sinne keine Eigenmittel gemäß Artikel 2 Nummer 18 Buchstabe a und b Allgemeine Gruppengleichstellungsverordnung (AGVO) hat (zum Beispiel Vereine), sind diese Bestimmungen nicht anwendbar.

Gilt nur ein Teil eines Unternehmensverbunds als gemeinnützig, ein anderer Teil (beispielsweise die Träger) jedoch nicht, gelten die hier genannten Bestimmungen für gemeinnützige Unternehmen nur für den gemeinnützigen Teil des Unternehmensverbundes. Folglich könnte in diesem Fall ein separater Antrag für jedes gemeinnützige Unternehmen beziehungsweise jede gemeinnützige Betriebsstätte im Unternehmensverbund gestellt werden. Für alle nicht-gemeinnützigen Verbundunternehmen könnte insgesamt nur ein gemeinsamer Antrag gestellt werden. Diese Regelung gilt auch für den Fall, dass ein oder mehrere nicht-gemeinnützige Unternehmen Teil eines zum Beispiel auf Ebene der Träger gemeinnützigen Unternehmensverbunds sind (auch hier müssen die nicht-gemeinnützigen Unternehmen einen gemeinsamen Antrag stellen und es kann ein separater Antrag für jedes gemeinnützige Unternehmen beziehungsweise jede gemeinnützige Betriebsstätte im Unternehmensverbund gestellt werden).

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26Unternehmen in Trägerschaft von Religionsgemeinschaften werden entsprechend der Maßstäbe für gemeinnützige Organisationen behandelt. Das bedeutet, dass Zuwendungen aus Kirchensteuermitteln als Einnahmen anzurechnen sind.

27Jede gängige Definition von "Betriebsstätte" ist zulässig. Es kann zum Beispiel die Begriffsbestimmung aus § 12 AO zugrunde gelegt werden.